Bom dia Débora,
Tinha um código que fazia isso no SAP NFE, se não me engano foi corrigido no SP13 (ou 14) que evitava uma dupla chamada quando o destinatário e transportador fossem iguais.
Entretanto isso pode não ser o seu caso. Siga o rastro de "onde vem o email", o SAP NFE não tem este controle de email, ele simplesmente dispara e no caso duas vezes.
Se foi feita a implementação por lookup como que seu desenvolvimento Java sabe que deve pegar o destinatário ou o transportador?
Atenciosamente, Fernando Da Rós